首先大家要了解两个概念，净化≠无菌，洁净≠无尘。手术室净化工程只是将致病菌和灰尘控制在允许范围内，对应层级的手术级别不构成感染威胁就可以，毕竟越是要求严格的手术室净化工程运行起来费用越高。
手术室净化工程有三种流层净化方式，其中最常用的是层流方式。层流手术室净化就是气流以恒定的速度朝着指定的方向输出，期间需要通过特定的过滤器进行净化，以类似流线形状通过手术室内，再通过匀速通过手术室之后向外流出，之前存留在手术室之内的细菌，微生物和灰尘等都会通过气流指定的方向流出去，这样就不会存留在手术室内，更不可能进行扩散了。
手术室净化工程内部各项指标是通过三套机组来维持的：
(1)新风机组：引入外部新空气，进行初级洁净处理;
(2)循环机组：洁净处理来自层流手术室内部的污染空气和初级洁净后的新风;
(3)排风机组：将手术中产生的浑浊气体及麻醉废气排至室外;
每个机组内部通过高效过滤，除去空气中的尘埃，而后再经过紫外线或臭氧段杀菌。处理后的洁净空气再重新流入层流手术室内部，如此循环。
重要器官，感染危害影响较大的手术，会放到净化程度较高的层流手术室，而手术室的净化级别是根据手术区的净化级别来定，并非整个手术室净化度都一样，通常手术周边区会比手术区洁净度低1个级别。那么，如何区分I级(百级)、II级(千级)、III级(万级)、Ⅳ级(十万级)、Ⅴ级(三十万级)和正负压手术室?
百级、千级与正负压手术室，每间需采用单独的净化系统，而万级、十万级手术室，可2—3间共用一套净化系统。
如今患者越发注重抗生素的使用，而手术室净化工程能有效减少术后感染，因此医护人员要注意手术室净化工程的除尘和环境营造工作。
