手术室净化的净化方式主要有单向流和非单向流净化:
单向流手术室净化原理是在室内从送风面到回风面经过滤和除菌的气流流经途中的断面几乎没有变化，加上送风静压箱和 高效过滤器的均压均流作用，使全室断面上的流速均匀，没有涡流，也就是说在洁净室内，干净气流不是一股或几股，而是充满全室，洁净原理不是靠掺混稀释作用，而是靠推出作用，将室内脏空气所沿整个断面排至室外，从而达到净化 空气的目的。
非单向流手术室净化原理是一般使经过过滤除菌的干净气流由送风口送入室内，然后向四周扩散、混合，同时把差不多同样数量的气流从回风 口排走。这股气流稀释着室内的污染空气，把原来污染严重的室内空气冲淡，一直达到新的平衡状态。
