它是对空气中的非生物粒子和生物粒子加以控制，消除尘埃粒子，控制手术室内的细菌浓度，使手术间达到一定的生物洁净标准，使用的方法就是将空气在进入手术室之前对其进行过滤，使用初效、中效、高效过滤网对空气进行三级过滤处理、过滤掉空气中的灰尘、浮游微粒、细菌及有害气体，使新鲜而洁净的空气流入手术室，稀释室内的菌浓度。
除此之外，净化系统还对进入手术室内的气流加以控制，我们知道，对于处于手术室手术区的患者伤口来说，手术感染源是来自多方面的，为了最大限度地消除或避免由各种途径带入的病源微生物而引起感染，净化系统利用流体力学原理，将手术室内各区域的气流分布均匀，不产生涡流，利用合理的气流方向来控制污染物的扩散，将空气中浮动的微粒和尘埃、污物等通过专设排风口排除手术室，空气中没有了浮动的尘埃等污物，就基本上杜绝了手术室内细菌传播的媒介。所以说净化的最终目的就是要控制室内的细菌浓度，让手术室更加洁净，这不但能够降低患者手术伤口被感染的几率，同时也能够确保医务人员的自身建康。
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