手术室净化工程消毒杀菌主要有两种方式，一是空调过滤、紫外线等物理杀菌，另一种是化学药剂杀菌。

手术室净化工程物理消毒杀菌
1、新风空调过滤
新风过滤主要将空气中悬浮颗粒过滤掉，进而就能将吸附在上面的细菌、病毒排除，尤其是在层流手术室净化这种高洁净要求。
消除浮游于空气中的细菌，减少由此引起的术后感染。其方法有：控制浮游粒子发生量；迅速有效地排除室内已发生的游浮粒子；有效阻止室外粒子进入室内。

2、静电吸附
利用灰尘向电性，利用静电吸附原理，减少手术室空间内灰尘量，但是这种方式比较受限，主要是静电可能给手术带来麻烦，影响手术室净化设备运行。
静电吸附除尘：预过滤- 高效过滤- 活性炭吸附、组合式正离子静电吸附除菌，并采用大风量空气净化，以保证室内空气的净化次数。有研究结果显示，开机30min后，空气中自然菌有降低，在术中使空气微生物维持在较低水平，且在有人活动条件下，空气细菌含量随消毒时间延长而降低。

3、紫外线杀菌
紫外线杀菌是医院手术室常用的光谱杀菌消毒方法，也适用于手术室净化工程。
将紫外线杀菌灯悬挂于室内天花板上，以垂直向下照射或反向照射方式进行照射消毒。辐射强度应高于70μW/c㎡，保证1.5W/m3，分布均匀，吊装高度1.8～2.2m，连续照射不少于30min，可使静态空气达到消毒要求。移动式照射法，紫外线消毒车可对室内某一区域空气进行集中照射，有其机动性，不受固定位置限制。间接照射法采用封闭式紫外线消毒器，如风筒式消毒器、壁挂式电子（紫外线）消毒器，在有人的情况下对室内空气消毒，利用空气不断经过消毒器循环、反复过滤及紫外线照射，达到净化空气的目的。若兼有负离子发生器则更佳。对辐射强度和杀菌效果进行定期监测。手术室应每月进行一次空气采样，平板暴露法是利用微生物在空气中的自然沉降进行采样的，是最简便、最常用的一种方法。

手术室净化工程化学药物杀菌
1、化学气体熏蒸法
过氧乙酸熏蒸法一般有效浓度为0.75～1.0g/m3，温度控制在18℃以上，相对湿度在60%～80%，作用2h后通风。可杀灭包括芽胞在内的各种微生物。有腐蚀和损伤作用，做好个人防护，戴好护目镜、手套，现配现用，不可用于地面消毒。

2、化学气溶胶消毒法
喷雾器将消毒剂雾化成50μm 以下的微小粒子，允许其在空气中停留一段时间，保证消毒剂颗粒与空气中微生物颗粒充分接触，以达到杀灭微生物的目的。其具有节水、省药、不湿透物体等诸多优点。

3、臭氧消毒法
臭氧是一种淡蓝色气体，具特殊的鱼腥臭味。杀菌机制通过产生的新生氧［O］的强氧化作用杀灭微生物；也可直接作用于细菌的细胞膜，改变其通透性、致死，或破坏RNA、DNA 完成对病毒的灭活。在密闭条件下，相对湿度为70%，浓度达到30mg/m3，15min可杀灭空气中自然菌92%以上。对呼吸道黏膜有刺激性，可出现口干、咳嗽，浓度高、接触时间长会出现强烈的呼吸道症状。消毒时所有人员必须离开，消毒结束后闻不到臭氧气味时方可进入。

一套手术室净化工程不一定要涵盖上面的所有消毒杀菌方式，医院更多是结合自身的实际情况来选择。