第一大因素为装修费用，费用主要包括墙面、地板、顶棚、走廊、门窗等根据净化手术室的特性而进行的整体装修，大型医院需设置风淋室。
第二大因素是净化空调，目前国内主要采用的国产净化空调在其品牌信誉与使用性能方面存在很大的差距，而净化空调对净化手术室的作用又尤为重要，所以在净化手术室造价方面的差异化在很大程度上由此而来，包括层流罩以及送回风口部件、无影灯等净化手术室专用器材在价格与质量上同样存在差距。
第三大因素是其他医疗设备，如：手术室器械柜、观灯片、手术时器械柜等；第四大因素是气、电、水工程，主要包括综合布线、强电工程、用电控制系统以及医用气体工程、给排水工程。
